1896年（明治29年）4月、ギフチョウの発見で知られる名和靖が独力をもって岐阜市京町に創立、1904年（明治37年）4月に岐阜市の要請により、岐阜公園に移転拡張し、1911年（明治44年）2月に、組織を財団法人に変更し、今日に至っています。
当研究所の目的は昆虫の形態・生態を研究し、害虫防除・益虫の保護の方法を研究して、昆虫学の発展ならびに農作物の増殖をはかり国家経済に寄与することでした。このため、当研究所がおこなった事業は、一般昆虫の採集や飼育、害益虫の調査研究、展覧会・講習会の開催、月刊誌「昆蟲世界」を始めとした雑誌図書の出版、研究生の養成、昆虫の種類の同定、各種薬剤の効力検定、昆虫防除相談、実地指導などで、非常に多方面におよびました。
創設当時は、まだ、今ほど充実していなかった農事試験場、大学などの公的な機関の足らない部分を担う役割も果たしていました。害虫駆除研究の公的な機関が充実してくるにつれ、その主な役割を、一般昆虫の啓蒙普及へと移し、現在では、付属施設である名和昆虫博物館を中心に活動をし続けています。